В настоящее время уровень рентабельности проектной продукции не регламентируется, и установить ее средний «нормативный» уровень не представляется возможным, т.к. при разработке Справочников базовых цен на проектные работы для строительства изд. 1995-1999гг. и 2003-2016 гг. были использованы обобщенные данные о затратах на производство проектной продукции ведущих проектных организаций, имеющих различную структуру затрат и рентабельность. Для каждой проектной организации значение показателя рентабельности при расчете базовой цены будет индивидуальным в зависимости от сложившегося уровня ее затрат, в т.ч. и отчисления на заработную плату инженерам-исполнителям, загрузки и других факторов.

В соответствии с п.11 приложения № 2 к приказу Федеральной налоговой службы от 30 мая 2007г. № ММ-3-06/333@ «Об утверждении Концепции системы планирования выездных налоговых проверок» (в ред. Приказов ФНС России от 14.10.2008 № ММ-3-2/467@, от 22.09.2010 № ММВ-7-2/461@, от 08.04.2011 ММВ-7-2/258@, от 10.05.2012 № ММВ-7-2/297@)) значительное отклонение уровня рентабельности по данным бухгалтерского учета от уровня рентабельности для рассматриваемой сферы деятельности по данным статистики может использоваться налоговыми органами при планировании выездных налоговых проверок как на предстоящий, так и последующие годы до их очередной актуализации.

Начиная с 2006 года порядок расчета рентабельных продаж по основным видам экономической деятельности приведен в приложение №4 к приказу Федеральной налоговой службы России от 30 мая 2007г. №ММ-3-06/333@ (редакция от 10.05.2012 №МММ-7-2/297@) и в соответствии с регламентами, публикуемыми на сайте ФНС России. При этом рентабельность продукции, работ, услуг организаций по виду экономической деятельности «Научные исследования и разработки» за 2014 г. составляет 9,1%. К указанному виду деятельности относятся и проектные работы.

Вместе с тем, исходя из имеющихся в распоряжении ОАО «ЦЕНТРИНВЕСТпроект» данных по анализу результатов деятельности проектных организаций, следует полагать, что уровень прибыли по отношению к себестоимости может составлять порядка 10-15% (максимум 18-20%), учитывая значительный рост материальных затрат проектных организаций, связанный с ростом цен, отчислений от фонда оплаты труда, ростом этого фонда и т.п.  При этом размер накладных расходов и прибыли также не регламентируется.